Tıpkı tüm Likya’ya olduğu gibi... MÖ 469’da Atinalı komutan Cimon tarafından özerklik verilen kent, MÖ 411’deki savaşta Atina’yı yenen Perslerce yeniden ele geçirilir. MÖ 333’e geldiğimizde ise Phaselis’in çok ünlü bir konuğu ağırladığını görürüz: Büyük İskender’i... MÖ 334 yılında Anadolu’ya ayak basan Makedon kral, birçok kent tarafından davet edilmesine karşın, konaklamak için şöhretini çok duyduğu Phaselis’i tercih etmiş; kışı burada geçirmişti. Kaynaklardan, Büyük İskender’in şehirde geçirdiği süre zarfında sık sık Athena ve Herakles tapınakları ile kent meydanındaki filozof Theodectes’in heykelini ziyaret ettiğini öğreniyoruz. Athena Tapınağı’nın ünlü kahraman Akhilleus’un kırık mızrağının muhafaza edildiği bir mekân olduğu göz önüne alınırsa, bu ziyaretler büyük bir savaşçının bir diğerine saygı seremonisi olarak da kabul edilebilir... Büyük İskender’in ölümünden sonra kent, Likya ile birlikte Mısır Ptolemaios Krallığı’nın, sonra Suriye kralı Antiochos III’ün ve ardından Rodosluların hakimiyetine girer. MÖ 168’de de bağımsızlığına kavuşarak, Likya Birliği içinde yerini alır. Ancak MÖ 1. yüzyılın başlarından itibaren Likya otoritesinin kaybolmasıyla bölge,